目前商业银行资产负债比例管理存在的主要缺陷：
从中央银行的角度来说，制定的监测指标体系在一定程度上仍缺乏科学性，且监管乏力。首先是比例指标缺乏层次性。在总分行体制下，商业银行资产负债管理应具有层次性，中央银行必须针对不同层次采取不同的监管指标。但是，目前资产负债比例管理监测、监控指标都是针对法人即商业银行总行进行考核，人民银行分支机构也只是机械地用考核商业银行总行的指标来考核商业银行分支行，从而降低了考核指标的针对性和有效性。
其次是一些指标适用性差。在商业银行一级法人制度下，资本集中于总行，故监控指标中所有涉及“资本类”的指标如“资本充足率”、“单个贷款比例”等都不适用于商业银行分支机构;同时，在上级行统一调度资金的情况下，用存贷款比例指标考核基层商业银行也没有意义。而另一个比例指标“资产流动性比例”即流动性资产与流动性负债的比率不少于25%的规定，亦缺乏科学性，按照西方国家的管理经验，流动性资产与流动性负债的比重(流动资产相对比率)在1.5～2的水平才能保证银行的支付能力，只对流动性资产占全部资产的比重(流动性比率)才作不少于25%的规定。最后，中央银行监管不力。目前的指标监控、监测仅限于几张报表，只作一下比例关系的统计分析，所报数据的真实性也缺乏强硬的监督控制。
从商业银行的执行情况来看，亦没有达到资产负债管理的真正要求。一级法人的银行体制使得商业银行分支机构只注重存款规模的简单量的增长以及由此推动贷款规模的扩张，而忽视内部控制制度的完善和资产负债的风险管理。这种粗放式的经营方式导致资产负债管理结果上的缺憾：一是总量不平衡，一些商业银行上级行对下级行实行的贷款规模管理，存在“有资金无规模”和“有规模无资金”的矛盾，普遍存在不计成本揽存款和存款波动影响正常放款等被动经营和消极经营的问题，无法根据资金来源自主支配资金运用;二是期限结构不对称，商业银行的长期负债过多用于短期资产，实际上违背“效益性”和“安全性”的协调;三是资产负债结构单一，资产中贷款比重过高，其它资产比重极低，不利于银行分散风险，负债中绝大部分是一般性存款，其它负债如金融债券、拆入资金等比重极低，致使银行支付压力较大;四是资产、负债管理脱节，目前的资金统一高度管理体制迫使商业银行分支机构组织的存款需上存，贷款审批权由总行层层下拔，使商业银行分支机构无条件加强自身的资产负债管理。
商业银行资产负债比例管理的作用：
首先，资产负债比例管理的实施表明我国金融调控已逐步向间接方式转变，中央银行将更多地运用存款准备金、再贴现、利率和公开市场业务等货币政策工具来调整货币政策，有利于深化金融体制改革。
其次，用资金来源制约资金运用，能有效地防止货币和信用扩张;通过资产负债结构调整来优化经济结构还有利于资源的有效配置，提高全社会资金使用效率，促进国民经济快速、持续、健康发展。
第三，将促使国有商业银行加快建立现代金融企业制度的步伐，按照国际惯例运作，促使商业银行加强经营管理力度，形成“自主经营、自担风险、自负盈亏、自我约束”的机制。最后，实行资产负债比例管理，可为商业银行运作提供制度规范，保证商业银行资金在安全性、流动性和盈利性三方面的协调，使我国商业银行在日趋激烈的竞争中增强抵御风险的能力。
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